Nükleotid ve Nükleik Asitler

Dosyayı isterseniz görüntüleyebilir isterseniz indirebilirsiniz.


GoogleDocs üzerinden indirmek için : İndir–Açılan sayfadan indirebilirsiniz–

Önizleme ;

 

NÜKLEOTİDLER VE NÜKLEİK ASİTLER
Pürin ve Pirimidin nükleotidlerinin ana işlevleri
Yüksek enerjili ara maddeler : ATP, UDP-glukoz, CDP-açilgliserol
Koenzim yapısında: FAD, NAD, NADP+, FMN ve CoA
Düzenleyici işlevleri: ADP, cAMP, cGMP
 DNA ve RNA nın yapıtaşları
Tıbbi Önemi
Nükleotidlerin kimyasal yapılarına bağlı olarak mor ötesi ışığı absorbe edebilmeleri, bu ışığı güçlü mutajen haline getirir.
Kanser, AIDS gibi önemli hastalıkların kemoterapisinde kullanılır.
Tıbbi Önemi
Kanser hücreleri veya bazı virüslerin üremesini bastırmada kullanılan doğal bazların, nükleozidlerin veya nükleotidlerin yapay benzerleri içinde 5-fluorourasil, 5’-iyodo-2’-deoksiüridin, 6-tioguanin bulunur.
Pürin ve pirimidinlerin kimyası
Heterosiklik bileşiklerdir. En sık rastlanılan hetero atom azottur.
Başlıca türevleri nükleozitler ve nükleotidler olup β-N-glikozid bağı ile bağlanmış siklik şeker (pentoz) içerir
Pirimidinler düzlemsel, pürinler ise düzlemsel yapıya yakın büzülmüş yapı  göstermektedirler.
Nükleik asitler 5 ana heterosiklik baz içerir
DNA ve RNA yapısında adenin, guanin ve sitozin yer almakta, DNA yapısında timin, RNA da ise urasil spesifik baz olarak yer almaktadır.
Pürin grubu: adenin ve guanin
Pirimidin grubu: sitozin, timin ve urasil
Nitrogenous Bases
PURINES
  1. Adenine (A)
  2. Guanine (G)
PYRIMIDINES
  1. Thymine (T)
  2. Cytosine (C)
  3. 1. Nitrogene base
  4. 2. The Sugar (Pentose)
  5. 2. The Sugar (Pentose)
DNA Nucleotide
Nükleotidlerde üç birimin birbirine bağlanmasında glikozid ve ester bağları görev yapar.
Bazların Tautomerizasyon
Azotlu bazlara bağlı hidrojen atomlarının yerlerinin değişmesidir.
Adenin ve sitozin için amino
Guanin ve timin için keto konfigürasyonları temel tautomerik formlardır.
Çok nadir olarak amino yerine imino ve keto yerine enol formları oluşur.
Hücrenin nötral pH sında pürin ve pirimidin bazları hidrofobik karakterde olup suda çözünmezler, ancak asidik veya alkali pH da bazlar elektriksel olarak yüklü duruma geçerler ve dolayısıyla su içindeki çözünürlükleri artar.
Pürin ve pirimidinlerin en önemli işlevsel grupları halkasal azot, karbonil grubu ve halkaya bağlı amino gruplarıdır.
Amino ve karbonil gruplarını içeren hidrojen bağları ise nükleik asitlerin birbiriyle ikinci derecede önem gösteren ilişki şekilleridir.
Hidrojen bağıyla oluşmuş en önemli baz çiftleri A’ nın T (veya U) ve G’ nin C ile yaptığı baz çiftleridir.
BASE-PAIRINGS
    Base             # of
Purines                     Pyrimidines    Pairs          H-Bonds
Adenine (A)      Thymine (T)    A = T      2
Guanine (G)      Cytosine (C)    C   G      3
Chargaff’s Rule
Adenine must pair with Thymine
Guanine must pair with Cytosine
Their amounts in a given DNA molecule will be about the same.
Nükleik asitler az rastlanan veya alışılmadık bazlar da içerir.
5-Metil sitozin : bakteri, insan DNA
N6-Metiladenin: memeli mRNA
N6-dimetiladenin: memeli tRNA
Psödoüridin: tRNA
Oligonükleotid tanınmasında önemli rol oynarken, RNA’ların yarı ömrünün düzenlenmesinde rolleri vardır.
Özgül metillenmiş nükleotid bazlarının varlığı, viral veya bakteriyel patojenlere bağlı enfeksiyonlardan kaynaklanan DNA bazların yabancı ve tabii oligonükleotidleri ayırmalarını sağlar.
Serbest Pürinler
Hücrede serbest halde bulunan nükleotidler içinde adenin ve guanin metabolizmasının ara maddeleri olan hipoksantin ve ksantin ile insanlarda pürin katabolizmasının son ürünü olan ve idrarla atılan ürik asit vardır.
Bitkilerdeki metillenmiş pürinlerin farmakolojik özellikleri vardır.
Kafein:1,3,7-trimetilksantin
Teofilin:1,3-dimetilksantin
Teobromin: 3,7-dimetil ksantin
Nükleotidlerin Adlandırılması
dGTP
3’-AMP
ATP
Phosphate Variations:  Number
Nükleotidler çeşitli fizyolojik işlevler görür
Özgül nükleotidler, protein ve nükleik asit sentezi, düzenleyici basamaklar ve hücre içi ve hücreler arası sinyal iletim yolları gibi çok değişik fizyolojik işlevleri sağlayan tepkimelere katılır.
Nükleozid trifosfatlar yüksek grup aktarma potansiyeline sahiptir.
Bütün nükleozit trifosfatların uçtaki fosfatlarının her ikisinin de hidrolizine ait ΔG0, yaklaşık 7kcal/mol dır.
Adenozin türevleri: ADP ve ATP
cAMP (adenozin 3’, 5’-monofosfat), adenilil siklaz ile katalizlenen bir tepkime ile ATP den oluşur.
Adenozin 3’-fosfat-5’-fosfosülfat (PAPS): sülfatlanmış proteoglikanlar veya idrarda sülfat konjugatları halinde atılan ilaç metabolitlerinin vericisidir.
  Guanozin türevleri
Süksinil-KoA nın süksinata çevrimi
GTP, adenilil siklazın bazı hormonlar tarafından etkinleştirilmesi için gerekli olup protein sentezi için enerji kaynağı olarak ve allosterik düzenleyici olarak etkir.
cGMP: ikincil haberci, cAMP ye antagonist olarak davranır. GTP den guanilil siklazla oluşur.
Endotel kaynaklı gevşetici faktör NO’ya cevap olarak artmış cGMP derişimi, düz kas gevşemesini sağlayan olayda ikincil haberci
  olarak görev yapar.
  Hipoksantin türevleri:
pürin ribonükleotidlerinin öncülü olan hipoksantin ribonükleotid (IMP), kas dokusunda AMP nin deaminasyonu ile oluşur.
  Urasil türevleri:
UDP şeker türevleri, glukoz 1-fosfat ile galaktoz 1-fosfatın birbirlerine çevriminde görülen türde şeker epimerizasyonlarına katılır
UDP-glukoz, glikojen ile glikozil disakkaritlerin biyosentezi için glukozil vericisi olup diğer UDP şekerler, glikoproteinler ve proteoglikanların oligosakkaritlerinin biyosentezinde şeker vericiler olarak davranır.
UDP-Glukronik asit – bilirubin ve aspirin
  Sitozin türevleri:
CTP, hayvansal dokularda bazı fosfogliseridlerin biyosentezinde
CDP kolini içeren reaksiyonlar: Sfingomyelin
Birçok koenzim nükleotid türevidir.
Nükleotidlerin tümü 260 nm ye yakın dalga boyunda ışın emer.
Nükleotidlerin spektrumu pH ile değişir. Yani pH’ a bağlı spektrum, bireysel nükleotidlerin tanımlanmalarına yardımcı olur.
Yapay nükleotid benzerleri kemoterapi için kullanılır
1- Nükleik asit sentezi için vazgeçilmez olan özgül enzimlerin ilaç tarafından inhibisyonu
2- İlaç metabolitlerinin nükleik asitler içine yerleşerek bilginin doğru aktarılması için baz eşleşmesini etkilemesi
5-florourasil, 6-tiyoguanin, 6-merkaptopürin, allopurinol
Sitarabin: kanser ve viral enfeksiyonlarda
Azatiyopürin: organ red cevabını bsakılamada
Watson and Crick
Avery, McCarty, and MacLeod
Repeated Griffith’s Experiment
DNA YAPISI
Fosfodiester bağları nükleik asitlerde ardışık nükleotidleri bağlar.
DNA ve RNA moleküllerinin yapısını oluşturan ardarda dizilmiş nükleotidler birbirine fosfat köprüleriyle kovalent olarak bağlanırlar: PRİMER YAPI
Primer dizinin belirli biçimde düzenli olarak tekrarlanmasıyla oluşan sekonder yapı, ileri aşamalardaki katlanmalarla oluşan yapı ise tersiyer yapı olarak ele alınabilir.
DNA nın Primer Yapısı
Bağlanma sırasında fosfat grubu, nükleotidlerden birinin 5’ hidroksil grubuyla bunu izleyen nükleotidin 3’ hidroksil grubu arasında 3’-5’-fosfodiester bağı oluşturur.
3’-5’ fosfodiester bağı, RNA ve DNA gibi polinükleotidlerin omurgasını oluşturur.
Fosfodiesterazlar olmazsa
Hangi molekül daha dayanıklı?
DNA? RNA?
Polinükleotidler yönlendirilmiş moleküllerdir.
Polinükleotidlerin birinci yapısı vardır.
pGpGpApTpCpA
DNA’nın Sekonder Yapısı
DNA molekülleri özellikli baz bileşenlerine sahiptir.
  Chargaff şu sonuçlara varmıştır:
DNA yı meydana getiren baz bileşimi genelde türden türe değişiklik gösterir.
Aynı türün değişik dokularından saflaştırılan örnekler aynı baz bileşimine sahiptir.
Türe ait baz bileşimi organizmanın yaşı, beslenme durumu veya çevre değişimiyle değişmez.
Tür dikkate alınmaksızın tüm hücre DNA larında A=T ve G=C
DNA çift sarmal yapıdadır.
Heliks yapıda olup uzun ekseni boyunca düzenli tekrarlanan iki yapı gösterdiğidir.
DNA aynı eksen üzerine sağa dönüşümlü olarak birbirine sarılmış iki iplikçikten oluşmaktadır.
Birbirini izleyen deoksiriboz ve fosfat gruplarının hidrofilik omurgası dış yüzde olup, yapıyı çevreleyen suyla ilişkidedir.
Her bir iplikçiğin pürin ve pirimidin bazları çift sarmalın iç tarafına yığılmıştır.
Düzlemsel ve hidrofobik olan halkasal yapılar birbirine çok yakın ve uzun eksene dik pozisyondadır.
DNA daki iki iplikçiğin karşılığıyla eşlenerek dengelenmesi sonucu sarmalın yüzeyinde majör oluk ve minör oluk oluşur.
GΞC baz çiftinin, A=T baz çiftine oranı yükseldikçe eşleşmiş DNA iplikçikleri birbirinden daha zor ayrılır.
DNA iplikçikleri antiparaleldir.
DNA’nın çift sarmal yapısını sağlamlaştıran 4 faktör vardır
Bazlar arası hidrofobik etkileşim
Merkezdeki bazların birbirleriyle Van der Waals ilişkisi göstermesi
Hidrojen bağları
Negatif yüklü fosfat gruplarının elektrostatik olarak birbirlerini itme eğilimlerinin hücredeki katyonlarla nötralize edilmesi
DNA nın değişik üç boyutlu yapıları bulunabilir. Oldukça esnek bir moleküldür.
Termal dalgalanmalar kıvrılmaları, gerilmeleri ve iplikçiklerin baz çiftlerinin birbirinden ayrılmasını oluşturabilir.
DNA’ nın üç konformasyonu vardır.
A – DNA
B – DNA
Z – DNA
Watson ve Crick’ in önerdiği DNA yapısı B-şekilli DNA veya B-DNA olarak tanımlanır.
B-DNA en kararlı yapı olup DNA nın herhangi bir özelliğinin çalışılmasında referans oluşturur.
Değişik çözelti yapıları içinde A formu göreceli az su içeren çözeltilere oluşması desteklenen şeklidir.
Z DNA en belirgin özelliği sol-el dönüşümlü heliks olmasıdır.
A-DNA nın biyolojik önemi olmadığına inanılmaktadır.
Z-DNA, henüz tam olarak tanımlanmamış olsa da, gen rekombinasyonunda ve ifadelenmesinde önemli görevler yüklenebilir.
Belirli DNA dizileri olağandışı yapılar kazanır
Baz dizilimine bağlı olarak gerçekleşen bazı yapısal çeşitlilikler saptanmış olup, bunlar DNA parçasının var olan çevresi içinde işlev ve metabolizmasını etkilerler.
Palindrom en çok bilinen DNA dizisidir. DNA iplikçikleri üzerinde ikili simetriye sahip baz dizilimlerinin tersine tekrarıdır.
Her bir iplikçik üzerinde bu dizilimler kendini tümleyici olup sonuçta U şeklinde bir saç tokası veya haç şeklini alabilir.
 RNA YAPISI
RNA birbirlerine 3’, 5’ fosfodiester köprüleri ile birbirine bağlanmış pürin ve pirimidin ribonükleotidlerinin oluşturduğu bir polimerdir.
RNA, DNA ile birçok özelliği paylaşmasına karşın, çok sayıda özgün niteliklere de sahiptir.
RNA’yı DNA dan ayıran özellikler
Şeker birimi 2’-deoksiriboz yerine bir ribozdur.
Timin yerine Urasil içerir.
Tek ipliklidir. Kendi üzerine katlanabilmekte ve dolayısıyla iki iplikli nitelikler kazanabilmektedir.
RNA’yı DNA dan ayıran özellikler
  1. Bazlar arasında eşitlik söz konusu değildir.
  2. RNA alkalilerle, mononükleotidlerin 2’ 3’ döngüsel diesterlerine hidrolize olabilir.
Alkaliye dayanıksızlığı tanı ve analizde faydalıdır.
RNA nın tek ipliğinde yer alan genetik bilgi, polimerdeki pürin ve pirimidin nükleotid dizisinde yer alır. Bu dizin, transkripsiyona uğratılan genin kalıp ipliğine karşılık gelir. Bu karşılık gelme olayından ötürü…….
      RNA’nın üç ana tipi protein sentezine katılır.
Haberci RNA (mRNA)
Ribozomal RNA (rRNA)
Transfer RNA (tRNA)
Diğer daha az miktarda bulunan RNA’ lar replikasyon veya RNA’ nın işlemlenmesinde, yani RNA öncüllerinin olgun hale çevrilmesinde rol alırlar.
Bazı RNA moleküllerinin, dahili katalitik etkinliği vardır. Bu ribozimlerin etkinliği, çoğunlukla, bir nükleik asidin parçalanmasını kapsar: Bazı rRNA öncülleri
Diğer RNA lar ribonükleaz ve peptidil transferaz etkinliği gösterebilir.
İnsan h.lerinde protein yapımına doğrudan katılmayan, fakat RNA nın işlenmesi ve hücre yapısının oluşumunda rol oynayabilen küçük çekirdek RNA ları (snRNA) vardır.
Haberci RNA (mRNA)
Bir gendeki kalıtım bilgisini, protein sentezleyici aygıta aktarıcı olarak görev yapar.
Büyüklük ve kararlılık açısından en heterojen olanıdır
mRNA
Hücrede en az bulunan RNA tipidir.
Ortalama ömürleri diğer diğer RNA lara göre son derece kısadır.
Prokaryot mRNA: birkaç sn- birkaç dk
Ökaryot mRNA: Birkaç dk-birkaç gün
mRNA
mRNA moleküllerinde baz eşleşmeleri yoktur.
mRNA daki nükleotidler her üç nükleotide bir aminoasit karşılık gelecek şekilde dizilmiştir. Bu üç bazdan oluşan ve bir aminoasidi tanımlayan diziye kodon adı verilir.
mRNA’nın işlemlenmesi
Ökaryotlarda mRNA, protein kodlayan genlerin transkripsiyona uğratılması ile, mRNA oluşturmak üzere çekirdekte işlenmeye uğrayan uzun bir birincil transkript haline çevrilir.
Bu işlemlemede yer alan ve mRNA öncülleri olan ara ürünlere heterojen nükleer RNA (hnRNA) adı verilir.
mRNA’nın işlemlenmesi
Primer nükleotid dizisi oluştuktan sonra molekülün 5’ ucuna başlık (cap) adı verilen 20-30 bazlık bir bölüm eklenir.
Başlık, 5’-hidroksil noktasında, üç fosfat üzerinden komşu 2’-O-metilribonükleozide bağlanmış bir 7-metil guanozinden oluşur.
mRNA’nın işlemlenmesi
Başlığın yararı: Tanınmayı kolaylaştırır ve 5’ ekzonükleazların saldırısından koruyarak kararlı hale gelmesine yardım eder.
mRNA moleküllerinin çoğunun diğer ucu olan 3’-hidroksil ucuna, 50-80 nükleotid uzunluğunda, adenilat kalıntılarını içeren bir polimer bağlanmıştır: Poli (A) kuyruğu
mRNA’nın işlemlenmesi
mRNA ların 3’-hidroksil ucundaki poli(A) kuyruğunun özgül işlevi tam olarak anlaşılamamıştır.
3’ ekzonükleazların saldırısından koruyup kararlılığı sağladığı düşünülmektedir.
mRNA’nın işlemlenmesi
Başlık ve kuyruğun eklenmesinde sonra primer transkript, intronların çıkarılıp eksonların birleştirilmesiyle (splicing) olgun mRNA haline gelerek sitoplazmaya geçer.
Küçük nükleer RNA (snRNA)
snRNA lar, mRNA işlemleme ve gen düzenlenmesine önemli ölçüde katılır.
Çok sayıda snRNA arasında yer alan U1, U2, U4, U5 ve U6, intron çıkarılması ve hnRNA ların, mRNA haline dönüştürülmesi işlemine katılır.
snRNA
U7 snRNA, histon mRNA nın 3’ uçlarının doğru üretilmesine katılır.
U4 ve U6 snRNA lar, poliA işlemi için de gerekebilir.
Prokaryotlarda bir mRNA, bir veya birkaç polipeptid zincirini kodlayabilir.
Şayet mRNA bir polipeptid için bilgi taşıyorsa monosistronik, iki veya daha fazla ise polisistroniktir.
Ökaryotlarda monosistroniktir.
100 aa lik polipeptid zincirini kodlayacak RNA nın uzunluğu nedir?
Bütün bunlara rağmen mRNA nın uzunluğu……
Ek olan ve kodlama görevi bulunmayanlar ne işe yarar?
Transfer RNA (tRNA)
74-95 nükleotid uzunluğunda
mRNA nükleotid dizisinde yer alan genetik bilginin çevriminde yer alır.
En az 20 tür tRNA molekülü vardır.
En az bir tanesi protein sentezi için gereken 20 aa den birine karşılık gelir.
  tRNA birçok modifiye baz içermektedir.
Dihidroüridin (DHU)
Riboziltimidin (rT)
Psödoüridin (Ψ)
İnozin (I)
Olgun tRNA, daha uzun bir primer zincirin 5’ ve 3’ uçlarından fazla nükleotidlerin koparılması ile oluşturulmaktadır.
5’ ucunu RNAaz P (endonükleaz)
3’ ucu RNAaz D (ekzonükleaz)
Yonca yaprağına benzeyen görünüme sahip ikincil yapıyı oluşturur.
Komplementer özellik gösterir.
Bütün tRNA molekülleri 4 ana kol taşır.
Alıcı kol: CCA dizsinde sonlanan bir eşleşmiş baz sapına sahiptir.
Aa lerin karboksil grupları, işte bu adenozil parçasının 3’ hidroksil grubuna bir ester bağı ile bağlanır.
Diğer kollar eşleşmiş baz sapları ve eşleşmemiş ilmikler içerir.
Bir eşleşmiş baz çiftinin ucunda yer alan antikodon kolu kalıp mRNA nın üçlü nükleotid veya kodonunu tanır.
tRNA nın özgüllüğünden sorumludur.
D kolu: dihidroüridin bazının varlığı
TΨC kolu: Psödoüridin ve C dizisine sahip olması
Fazladan kol tRNA nın değişken niteliğidir.
tRNA nın ikincil yapısı, bu kollardaki baz eşleşmesi ile muhafaza edilir
Ribozomal RNA (rRNA)
mRNA kalıplarından proteinlerin sentez edildiği aygıt olarak davranan sitoplazmik bir nükleoprotein yapısıdır.
 mRNA ve tRNA moleküllerinin etkileşim yeridir.
Ribozomların %60-65 ini oluşturur.
Hücredeki RNA moleküllerinin %80 ini oluşturur.
Aktif protein sentezinde, pek çok ribozom, polizom adı verilen bir düzenekte yer alan tek bir mRNA molekülü ile bir araya  gelir.
Ribozomlar S (Svedberg) birimi ile tanınırlar.
Svedberg ünitesi: Partiküllerin ultrasantrifüj ortamında çökme hızını tanımlayan sedimantasyon katsayısıdır. Büyük S değerliler büyük kitleye sahiptir.
Ökaryotlar: 60S ve 40S  (toplam:80S)
Bakteriler: 50S ve 30S (toplam:70S)
Sitoplazmada ribozomlar oldukça kararlı halde kalır ve birçok çeviri döngüsünü gerçekleştirebilecek yetenektedir.
Ribozomal RNA moleküllerinin ribozomal tanecikler içindeki işlevleri tam olarak anlaşılamamışsa da bunlar, ribozomal düzenleme için gereklidir ve mRNA nın..
rRNA bileşeninin peptidil transferaz etkinliği  gösterdiği ve dolayısıyla bir enzim olduğunu (ribozim) göstermektedir.
RNA interferans (siRNA)
Küçük çift iplikli RNA’ ların benzer bir diziye sahip herhangi bir mRNA’ nın ekspresyonunu engellediği mekanizma
Bu küçük RNA lar siRNA olarak bilinir.
siRNA’nın etkileme biçimi
Kendi ipliklerinin ayrılması, hedef RNA ile hibridizasyon, bu parçacıkların bir RNA bağımlı RNA polimeraz ile uzaması ve ardından hedef molekülün parçacıklara ayrılmasıdır.
Hedef molekülün geri kalan parçaları, siRNA gibi davranır.
Nükleik asit kimyası
DNA nın genetik bilgideki depo görevi kısmen kalıtsal kararlığına bağlıdır.
DNA nın kimyasal değişimi ise katalizör görevi gören enzimlerin yokluğunda  oldukça yavaştır
DNA nın denatürasyonu
DNA’ nın baz çiftleri arasındaki hidrojen bağlarının yıkılarak ipliklerin ayrılmasına denatürasyon denir.
Çift sarmal DNA ve RNA denatüre edilebilir.
Dikkatli bir şekilde saflaştırılmış DNA çözeltisi pH 7.0 ve oda sıcaklığında oldukça yoğun bir haldedir.
Sıcaklığın yükseltilmesi ve PH nın uç değerlere çekilmesi DNA da denatürasyona neden olur.
İki bileşen ipliğine ayrılır.
DNA molekülünün bu denatürasyonu ile eş zamanlı olarak, pürin ve pirimidin bazlarının optik absorbansında bir artış meydana gelir= denatürasyonun hiperkromositesi
Bazların kümelenmesi ve kümeler arasındaki hidrojen bağları nedeni ile, çift iplikli DNA molekülü katı bir çubuk niteliği gösterir ve çözelti içindeyken denatürasyona uğradığında kıvamını yitiren viskoz bir çözelti oluşturur.
DNA’nın çift sarmalının %50 sini tek sarmal haline getiren sıcaklığa DNA nın erime sıcaklığı denir (Tm=melting temperature)
Rekombinan DNA teknolojilerinde kullanılan formamid bazlar arasındaki hidrojen bağlarını kararsız hale getirir ve Tm değerini düşürür.
Renatürasyon: DNA nın birbirinden ayrılmış olan iplikleri, fizyolojik ve sıcaklık ve tuz koşulları sağlandığında yeniden birleşir.
Yeniden birleşme hızı, karşılıklı ipliklerin konsantrasyonuna bağlıdır
Tamamen ayrılmışsa birleşme iki basamakta gerçekleşir:
Rastgele çarpışarak kısa bir çift sarmal oluşturur.
Geriye kalanlar kurallara uygun olarak eşleşir.
DNA yapısındaki in vivo replikasyon ve transkripsiyonunda iplikçik ayrışmasının gerçekleşmesi şarttır.
A-T DNA daki başlangıç bölgeleri
Nükleik asit ve nükleotidler enzimatik olmayan değişime uğrar.
Nükleotid yapısı içerisinde bulunan pürin ve pirimidinler kovalent yapıları içinde kendi kendine oluşan birçok değişikliğe uğrarlar.
DNA daki kalıcı değişikliklere mutasyon denir.
Bazı nükleotid bazları deaminasyona uğrar. Ör: 24 sa. Süresince her 107 sitidin artığı urasile dönüşür.
DNA da neden Urasil yerine Timin vardır?
Deoksiribonükleotidlerin baz ve pentoz arasındaki N-β-glikozil bağlarının hidrolizidir.
24 sa süresince DNA nın her 105 pürini için biri kaybolur.
DNA Süpersarmalı
DNA’ nın diğer bir özelliği de süpersarmal (süperkoil) yapmasıdır.
DNA gevşek (relaks) ve süpersarmal şekillerde bulunur.
Hangi form aktiftir?
Süpersarmal biyolojik açıdan iki nedenle önemlidir:
Süperkoil yapmış bir DNA onu relaks karşıtından daha kompakt bir şekle sahiptir.
Süperkoilleşme çift sarmalın açılma kapasitesini arttırarak diğer moleküllerle etkileşmesini sağlar.
DNA moleküllerinin uçları terminal kısmı kapalı olmayan kapalı bir halka oluşturacak şekilde birbirlerine bağlanır.
Kutuplaşmayı ortadan kaldırmaz
Kapalı halkalar gevşek ve süpersarmal biçimlerde bulunur.
İki çeşit süpersarmal DNA:
  Negatif ve pozitif
Negatifte bükülme sola doğru.
Pozitifte sağa doğru.
Topoizomeraz enzimleri süpersarmalleri gevşetir.
ä

 

Bir Cevap Yazın